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井冈山属于生物地理森林系统的中北岸——“中国亚热带森林省”。森林面积为126，500公顷，其中46，800公顷为用材林，7.133公顷为经济林。其他用材林7000公顷，防护林21300公顷，林木蓄积量804万立方米。森林覆盖率为81.2%。据专家研究，井冈山是亚热带植物栖息地之一。到目前为止，它仍然保留着大量原始或半原始森林，很少或没有人类活动。它是世界上最具代表性的山地亚热带常绿阔叶林区，拥有世界上同纬度7000多公顷最完整的亚原始森林，是被联合国环境保护组织誉为世界上唯一的亚热带常绿阔叶林。还有78种代表性植物在省级得到保护，包括红豆杉。南方红豆杉、落羽杉、粗壮栎、银杏、香果树、枫杨等。竹林面积1066.7公顷，有毛竹、蜡梅、雷竹、观音竹、冷竹、苦竹、凤尾蕨、实竹等100多种。，拥有2576.3万多株竹子。
生物
井冈山是地球上同纬度最丰富的生物区之一。动植物区系复杂，区系成分多样，生物资源丰富。约6000万年前，新生代相对古老而完整的第三纪森林生态系统已发现有高等植物3400多种，隶属于800多属280科。有10种植物被列入世界自然保护联盟红色名录，38种被列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录二，67种被列入中国红色名录，23种被列入中国国家重点保护野生植物名录。中国特有种子植物460种，井冈山特有种子植物20种，省级保护种78种。
动物种类也非常丰富。已鉴定出307种脊椎动物，包括42种哺乳动物、162种鸟类、41种爬行动物、29种两栖动物和35种鱼类。昆虫有21，000种。这个地区分布着许多珍稀濒危动物。在列入国家重点保护野生动物名录的38个物种中，有13个物种被列入世界保护联盟红色名录，17个物种被列入《濒危野生动物国际贸易公约》附录，37个物种被列入中国物种红色名录，25个物种为井冈山特有。代表性动物包括黄腹角雉、猴鹰、藏牛先生、水鹿、穿山甲鳞片、乌梢蛇、蜥蜴、大鲵(大鲵)、虎蛙、棘蛙等。
水资源
流域面积10平方公里以上的河流有6条，主支流总长222.3公里。全市主要河流有龙江、郑Xi、南山河、周星河和王达河，属于赣江水系。井岗冲、罗浮、灵坑、仙口、乔林共5座水库。水资源总量为11.58亿立方米，分为地表水和地下水。地表水资源丰富，年平均径流量达到9.33亿立方米。
陆地
井冈山风景
截至1994年，井冈山市和宁冈县土地资源总量为:66657.0公顷和63095.9公顷，其中耕地3877.5公顷和6291.2公顷，林地59070.0公顷和50982.4公顷。337.8公顷和254.3公顷园地；未利用土地为893.0公顷和2246.5公顷。县市合并后，土地总面积129，750公顷，耕地8，165公顷，林地109，720.9公顷，园地696.9公顷。2010年，土地总面积1.2975亿公顷，耕地91.66.38公顷，园地739.01公顷，林地1.0966亿公顷。井冈山已划定生态公益林49，700公顷(其中国家生态公益林42，100公顷)。
矿物
据地质调查资料和大量报道，井冈山市有瓷土、稀土、砂(岩)金、铀、钨、锡、铝、锌、镁、铜、铁硫、萤石、石墨、晶体、石棉、花岗岩、铌钽矿石等10多种矿物，其中瓷土矿石和稀土矿石储量丰富，是两种优势矿物，其余均呈小型矿物。江西省首次在七里川、梅西山和下庄至杭州的山区发现铌和钽矿石。
●中国粘土
主要分布在东尚乡高梁村、河花乡大庙、大厂和田歌乡下古田。井冈山瓷都总储量为2500万吨，可开采利用200多年，根据瓷业生产需要，质量优良。平均品位为:Fe2O3 317.01%，SIO270.9%，K2O3.42%，Fe2O3 31.02%，Na2O0.83%。
●稀土
主要分布在大唐、下古田、东尚、龙石、木村等地。探明储量约为1200吨，其中大唐矿区415吨，下古田矿区309吨，龙石矿区173吨，东尚矿区176.6吨，木村矿区85.6吨。稀土矿品位高(0.07 ~ 0117)，分布好(铕含量0.8 ~ 0.94%)，钐、铕、钆之和为12.29%，产品收率达到94 ~ 97%，各项质量指标基本达到国家标准。
●钨
主要分布在东上乡泥湖、七里川和白石坳地区。它含有8个钨矿体。静脉长度约为3710米，平均为463.7米。矿脉宽度为1.68米，总厚度为12.93米。矿体为石湖脉型。夏柒和昌平的储量约为3万吨，纯度为65%。
●煤和铁
主要分布在南山、夏萍及盆地周边的低山丘陵地带，品位低，储量小。